عوامي ڊيٽا جو تجزيو
SARS-CoV-2 نسب تي ڊيٽا ۽ تاريخ جو نمونو چلي مان دستياب ترتيبن مان ورتو ويو آهي Consorcio Genomas CoV2 سائيٽ تي دستياب آهي. https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. ويڪسينيشن ڊيٽا سائنس، ٽيڪنالاجي، علم ۽ جدت واري وزارت جي سرڪاري ڊيٽا مان حاصل ڪئي وئي. https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (پيداوار 83).
انفيڪشن جو جائزو
مختلف SARS-CoV-2 اسپائڪ پروٽينن کي کڻندڙ سيڊو ٽائپ ٿيل وائرس تيار ڪيا ويا جيئن اسان اڳ بيان ڪيو آهي12. مختصر طور تي، HIV-1-based SARS-CoV-2 pseudotypes پيدا ڪيا ويا HEK293T سيلز ۾ pNL4.3-ΔEnv-Luc کي 2: 1 molar تناسب ۾ لاڳاپيل pCDNA-SARS-CoV-1 اسپائڪ ڪوڊنگ ویکٹر سان گڏ منتقل ڪندي. پلاسميڊز ڪوڊون-آپٽمائزڊ اسپائڪ کي ڪوڊ ڪري رهيا آهن جن ۾ سي-ٽرمينل اينڊ (SΔ19) جي آخري 19 امينو اسيدن جي کوٽ هوندي آهي جيڪا endoplasmic reticulum تي برقرار رکڻ کان بچڻ لاءِ سڃاتي ويندي آهي.12 حاصل ڪيا ويا gene synthesis or customized site-directed mutagenesis (GeneScript) ۽ ھيٺيون ميوٽيشنز شامل آھن: نسب A (حوالو ترتيب)، نسب B (D614G)، نسب B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), نسب P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655I, T1027I, T37G لائن) ۽ 75- 76، L246Q، F252S، D452G، T490N). هر pseudotype جي تياري 614 rpm تي سينٽرفيوگريشن ذريعي ڪمري جي گرمي پد تي صاف ڪئي وئي، HIV-859 Gag p3,000 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems) استعمال ڪندي مقدار کي صاف ڪيو ويو، 1٪ fetal bovine serum (Sigma-Aldrich) ۾ aliquoted ۽ -24 °C تي محفوظ ڪيو ويو. استعمال ڪرڻ. pseudotyped وائرس جي مختلف مقدار (جيئن ته HIV-50 p80 پروٽين جي سطحن سان طئي ڪيو ويو آهي) استعمال ڪيو ويو HEK-ACE1 سيلز کي متاثر ڪرڻ لاءِ ۽ 24 ڪلاڪن بعد، فائر فلائي لوسيفرس سرگرمي ماپ ڪئي وئي لوسيفرس اسي ريجنٽ (پروميگا) کي استعمال ڪندي گلوومڪس 2 مائڪرو پليٽ ۾. luminometer (Promega).
غير جانبداري جاچ
Pseudotyped وائرس جي غير جانبداري جو اندازو لازمي طور تي انجام ڏنو ويو جيئن اسان اڳ بيان ڪيو ويو آهي12. مختصر طور تي، پلازما نموني جا سيريل ڊيليوشن (1:4 کان 1:8748) DMEM ۾ 10٪ fetal bovine سيرم سان تيار ڪيا ويا ۽ 5h دوران 24 ° C ۽ پوءِ، 1 × 37 تي هر هڪ pseudotyped وائرس جي 1 ng جي p10 سان گڏ ڪيو ويو.4 HEK-ACE2 سيلز جا شامل ڪيا ويا ھر کوھ ۾. HEK293T سيلز (ACE2 جو اظهار نه ڪيو ويو) pseudotyped وائرس سان incubated (نسب A) هڪ منفي ڪنٽرول طور استعمال ڪيو ويو. سيلز کي 48 ڪلاڪن بعد لڪايو ويو، ۽ فائر فلائي لوسيفريس سرگرمي کي ماپ ڪيو ويو لوسيفرس اسي ريجنٽ (پروميگا) کي گلوومڪس 96 مائڪروپليٽ لومينيٽر (پروميگا) ۾. ھر ھڪڙي گھٽتائي لاءِ غير جانبدار ڪرڻ جو سيڪڙو حساب ڪيو ويو ۽ ھر نموني جي ID50 کي گراف پيڊ پرزم ورزن 9.0.1 استعمال ڪندي ڳڻيو ويو.
رياستياتي تجزيي
انگن اکرن جا تجزيا گراف پيڊ پرزم سافٽ ويئر ورزن 9.1.2 استعمال ڪندي ڪيا ويا. SARS-CoV-2 pseudotyped وائرسز جي پينل جي خلاف اينٽي باڊي ٽائيٽرز (NAbTs) کي غيرجانبدار ڪرڻ لاءِ گھڻن گروپن جو مقابلو ڪيو ويو ۽ گڏوگڏ جنس ۽ تماڪ جي حالت طرفان NAbs جي جوابن جو مقابلو ڪيو ويو وِلڪوڪسن سائن ٿيل رينج ٿيل ٽيسٽ استعمال ڪندي. فڪر جي تبديلي جي حساب سان جيو ميٽرڪ مطلب ٽائيٽر جي ID ۾ فرق ڪيو ويو50 جيئن ته وائلڊ قسم جي pseudotyped وائرس جي مقابلي ۾. NAbTs ۽ عمر يا BMI جي وچ ۾ رابطي جو تجزيو اسپيئرمين جي ٽيسٽ استعمال ڪندي ڪيو ويو. هڪ طرفي ANOVA ۽ Tukey جي گھڻائي مقابلي واري ٽيسٽ ڪئي وئي انفڪشن جي شمارياتي تجزيي لاءِ. هڪ پي قدر ≤0.05 کي شمارياتي لحاظ کان اهم سمجهيو ويو.
اخلاقي منظوري
مطالعي جو پروٽوڪول يونيورسيڊيڊ ڊي چلي ۾ فيڪلٽي آف ميڊيسن جي اخلاقي ڪميٽي طرفان منظور ڪيو ويو (منصوبا N° 0361-2021 ۽ N° 096-2020) ۽ ڪلينيڪا سانتا ماريا (پروجيڪٽ N° 132604-21). سڀني ڊونرز ڄاڻايل رضامندي تي دستخط ڪيا، ۽ انهن جا نمونا گمنام ڪيا ويا.
لامبڊا جي مختلف قسمن ۾ اسپائڪ ميوٽيشنز جو اثر انفيڪشن تي ۽ اينٽي باڊيز جي ردعمل کي غير جانبدار ڪرڻ
3695 جون جي مطابق GISAID تي جمع ٿيل چلي مان 24 تسلسل جو تجزيوth 2021 ڏيکاري ٿو SARS-CoV-2 مختلف قسمن جي گاما ۽ Lambda جو واضح غلبو آخري ٽرميسٽر اڪائونٽنگ دوران، گڏو گڏ، سڀني تسلسل جي 79٪ لاءِ.
دلچسپ ڳالهه اها آهي ته هي دور هڪ وڏي ويڪسينيشن مهم جي ڪري رهيو آهي جنهن ۾ 65.6 جون موجب ٽارگيٽ ڪيل آبادي جو 18 سيڪڙو (27 سالن ۽ ان کان وڏي عمر وارا) مڪمل ويڪسينيشن اسڪيم حاصل ڪري چڪا آهن.th 2021
ڏنو ويو آهي ته 78.2 سيڪڙو ماڻهن کي مڪمل اسڪيم سان انوول ڪيو ويو آهي غير فعال ٿيل وائرس ويڪسين ڪورونا ويڪ سينواڪ بايوٽيڪ کان، اسان هن ويڪسين ذريعي نڪتل اينٽي باڊيز جي غير جانبدار ڪرڻ جي صلاحيت تي Lambda ويرينٽ ۾ موجود اسپائڪ ميوٽيشنز جي اثر جي تحقيق ڪرڻ جي ڪوشش ڪئي.
ان لاءِ، اسان HIV-1-based SARS-CoV-2 pseudotyped وائرس پيدا ڪيا جيڪي اسپائڪ پروٽين کي ووهان-1 ريفرنس نسب (وائلڊ قسم؛ نسب A)، D614G ميوٽيشن (نسب B)، ۽ الفا (نسب B) مان کڻندا آهن. .1.1.7)، گاما (نسب P.1) ۽ Lambda (نسب C.37) مختلف قسمون.
وائرس جي تياري دوران، اسان مسلسل مشاهدو ڪيو ته لامبڊا اسپائڪ کي کڻندڙ سيوڊ ٽائپ ٿيل وائرس سان متاثر ٿيل سيلز اهم اعلي بايولومينينس قدر پيدا ڪيا جڏهن D614G ميوٽنٽ يا الفا ۽ گاما ويريئنٽس جي مقابلي ۾ لامبڊا اسپائڪ پروٽين جي وڌندڙ انفيڪشن کي ظاهر ڪن ٿا.
شڪل 1.مختلف اسپائڪ پروٽينن جي وچ ۾ انفيڪشن.
(الف) SARS-CoV-2 اسپيڪ پروٽين جي اسڪيمياتي نمائندگي ۽ هن مطالعي ۾ استعمال ٿيندڙ مختلف قسمون. نسب کي قوس ۾ ظاهر ڪيو ويو آهي. آر بي ڊي، ريڪٽر-بائنڊنگ ڊومين، سي ايم؛ cytoplasmic دم.
(ب) HIV-1 p24 جي برابر مقدار کي استعمال ڪندي هر نسب جي pseudotypes جو ٽائيٽل. فائر فلائي لوسيفرس سرگرمي 48 ڪلاڪ پوسٽ-انفڪشن تي نسبتا luminescence يونٽ (RLU) جي طور تي ماپي وئي. سراسري ۽ SD هڪ نمائندي ٽنهي تجربن مان حساب ڪيو ويو.
اڳيون، اسان مٿي ذڪر ڪيل pseudotyped وائرس کي استعمال ڪيو غير جانبداري اسيسس کي انجام ڏيڻ لاءِ 79 پلازما نموني استعمال ڪندي صحتمند صحت جي سارسنڀال ڪارڪنن کان يونيورسٽيڊ ڊي چلي ۽ ڪلينيڪا سانتا ماريا سانٽياگو، چلي ۾.
اسان 4 نمونن کي خارج ڪيو جيئن اسان ID50 ٽائيٽل کي ڳڻڻ جي قابل نه هئاسين. تجزيي نموني مان، 73٪ عورتن سان ملندڙ، وچين عمر 34 سال (IQR 29 - 43) ۽ 25 جي جسماني وڌ ۾ وڌ انڊيڪس (BMI) (IQR 22.7 - 27). 20.5 سيڪڙو شرڪت ڪندڙن کي فعال سگريٽ نوشي ڪرڻ جو اعلان ڪيو ويو جڏهن ته حفاظتي مدت ختم ٿي وئي. نمونا حاصل ڪيا ويا 95 ڏينهن جي وچ ۾ (IQR 76 - 96) ڪورونا ويڪس ويڪسين جي ٻئي دوز کان پوءِ
اسان ڏٺو ته وائلڊ ٽائيپ اسپائڪ پروٽين کي کڻي ويندڙ pseudotyped وائرس کي غير جانبدار ڪرڻ جي نتيجي ۾ 50٪ inhibitory dilution (ID50) مطلب 191.46 جو ٽائيٽل (154.9 - 227.95، 95٪ CI،)، جڏهن ته اهو 153.92 (115.68 - 192.16، 95٪ CI)، 124.73 (86.2 - 163.2، 95٪ CI، 104.57٪ 75.02)، سي آءِ ) ۽ 134.11 (95 - 78.75، 49.8٪ CI) سيوڊ ٽائپ ٿيل وائرسز لاءِ جيڪي اسپائڪ پروٽين کي D107.6G ميوٽنٽ يا الفا، گاما ۽ ليمبڊا مختلف قسمن مان کڻندا آهن.
اسان اهو پڻ ڏٺو آهي ته جاميٽري مطلب ID جو ٽائيٽل50 ٽائيٽرز گھٽجي ويا 3.05 جي فيڪٽر (2.57 – 3.61, 95% CI) لاءِ pseudotyped وائرس لاءِ جيڪي ليمبڊا اسپائڪ کڻندا آھن، 2.33 (1.95 – 2.80, 95% CI) گاما اسپائڪ لاءِ، 2.03 (1.71 – 2.41) الفا اسپائڪ لاءِ ۽ 95 (1.37 - 1.20، 1.55٪ CI) D95G اسپائڪ لاءِ جڏهن وائلڊ قسم جي اسپائڪ جي مقابلي ۾.
جنس، عمر، باڊي ماس انڊيڪس (BMI) يا تماڪ جي حالت ۽ غير جانبدار اينٽي باڊي ٽائيٽرز جي وچ ۾ ڪوبه تعلق نه ڏٺو ويو اسان جي مطالعي جي گڏجاڻي ۾.
شڪل 2.ڪوروناويڪ ويڪسينز مان پلازما نموني استعمال ڪندي غير جانبداري جو جائزو
(الف) بدلي ۾ تبديليون 50٪ غير جانبدار ٽائيٽل (ID50D75G (نسب ب)، الفا (نسب B.614) جي خلاف 1.1.7 وصول ڪندڙن جي ڪورونا ويڪس ويڪسين جي پلازما نموني ۾.
گاما (نسب P.1) ۽ Lambda (نسب C.37) مختلف قسمن جي مقابلي ۾ جهنگلي قسم جي وائرس سان. نتيجا ڏيکاريا ويا آهن جيئن ملندڙ نموني جي غير جانبدار ٽائيٽرز ۾ فرق. ID جي مقابلي لاءِ P قدر50 وِلڪوڪسن سائنڊ-رينڪ ٽيسٽ سان ڳڻيا ويندا آهن.
(ب) باڪس پلاٽ ID جي وچين ۽ وچولي حد (IQR) کي ظاهر ڪيو50 هر pseudotype وائرس لاء. فڪري تبديليون ڏيکاريل آھن جيو ميٽرڪ مطلب ٽائيٽر جي فرق جي ID ۾50 جيئن ته وائلڊ قسم جي سيوڊو ٽائيپ وائرس جي مقابلي ۾. انگن اکرن جا تجزيا استعمال ڪيا ويا ولڪوڪسن ملائي-جوڙو سائن ٿيل-رينڪ ٽيسٽ.
گڏو گڏ، اسان جي ڊيٽا انڪشاف ڪيو ته دلچسپي جي نئين تسليم ٿيل قسم Lambda جو اسپائڪ پروٽين، چلي ۽ ڏکڻ آمريڪن ملڪن ۾ تمام گهڻو گردش ڪري ٿو، ميوٽيشنز کي وڌائي ٿو جيڪو وڌندڙ انفيڪشن ۽ ڪورونوايڪس پاران نڪتل اينٽي باڊيز کي غير جانبدار ڪرڻ کان بچڻ جي صلاحيت ڏئي ٿو.
